次世代METAL SLUG开发中的研究所遭到不明敌人的袭击，记录了METAL SLUG的机密的磁盘被强行夺走。
马尔克和塔马接到了夺回磁盘的命令后，前往追踪其去向。
另一方面，正在调查盗掘遗迹的武装组织“托勒密军（PTOLEMAIC ARMY）”的菲奥和笠本，成功地追踪到古代遗迹“火之回廊”。虽然尝试突入遗迹，但是因原居民及巨型“METAL SLUG”阻挡而无法前进。
由此事件中，判断出抢夺“METAL SLUG”机密的敌人就是托勒密军。
正规军为了夺回机密和消灭组织，决定派遣由PF队及少数精锐部队实行追击“火之回廊”的作战。
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