《拳皇98》的系统集以往作品之大成，前作加入ADVANCED MODE和EXTRA MODE仍然存在，以“KOF 96”紧急回避系统为主的ADVANCED MODE、和以“KOF 94～96”攻击闪避为主的EXTRA MODE都具有各自特有的风格。
本作加入的新系统是“队伍编辑”系统，凭借此系统可以简单地实现选择组队。另外特别值得一提的是，第一主角失败后，第二和第三个主角出场时对敌作战有利的ADVANTAGE系统加载，对于不善格斗和技术相对较弱的人，这一系统的出现无疑是个好消息。
在ADVANCED MODE下，能量格上限由原来的3个增加到5个，可以更方便使出超必杀技。EXTRA MODE下，能量条也较前作缩短，能量积攒时间相对大幅缩短。
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