《拳皇2000》在《拳皇99》的基础上，导入了更加主动化的援护系统，使得援护战术能够以更好的方式展现。
游戏一共登场36名角色，其中32个角色以4人一组的方式形成8个队伍。分别是主人公队、红丸队、饿狼传说队、龙虎之拳队、怒队、超能力战士队、女性格斗家队、韩国队；其余的4名角色，分别是草薙京、八神庵、库拉、克隆零，库拉与克隆零（PS2版追加为可选择角色）需要通过输入相应的隐藏指令方可选择。
玩家可选择官方设定的队伍进行参赛，亦可自行选择喜爱角色组成四人队伍。角色间存在不同的攻击方式与操作指令，根据战斗推进将发展出相应的队伍剧情与结局。
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