KOF99的故事进入了NESTS篇，主人翁 由一直以来的京换成了K’。
“召开KOF”——世界各地的格斗家们又收到了邀请函。格斗之王大会将再一次召开!但是这次的气氛似乎有些不同。在招待者的背后，似乎完全没有那种世界大会般规模的支持者。在格斗们觉得不可思议 的时候，对战形式又出现了新规定。
游戏界面“对战形式仍为3对3，但大会采用援护战斗的形式。”
在KOF99大会开始不久，世界各地出现大批克隆人战士和改造人战士出现，它们的背后，是阴森庞大的神秘组织——NESTS。而克隆人的相貌，赫然竟是世人心目中的英雄——草薙京 。
京和庵的足迹已成传说。真正的京，到底在哪里?庵呢?那OROCHI空间毁天灭地的一战，到底换来了怎样一个结局?
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